#paper doi: 10.1038/nmeth.3329 Nature Methods, 2015, Identification of active transcriptional regulatory elements from GRORO-seq data。哺乳动物基因组上存在大量非编码的活跃的双向转录区域，这些区域往往发挥调控元件（如增强子）的作用，因而成为表观遗传研究的重要对象。GRO-seq/PRO-seq是测定这些转录调控元件（TRE）的最有效高通量手段。这篇旧文报道了一种称为dREG的有监督学习算法，可在GRO-seq数据中系统性检测TRE。预测是利用SVM模型学习GRO-seq在基因启动子位点处的信号特征进而外推至整个基因组实现的。通过与DNase-seq和多种组蛋白修饰位点的联合分析，本文将基因组上的顺式调控元件大致分为活跃转录的调控元件、开放但不转录的调控元件、有增强子特征但不开放的调控元件和绝缘子四个大类。通过每类中特征性的转录因子结合位点富集情况和eQTL/GWAS数据的富集验证了这些结果的可靠性。本文虽旧，但对理解顺式作用元件的组成与功能有重要参考意义。PRO-seq/GRO-seq虽然操作繁琐、对实验员技术和耐心要求很高，但也是探测新生转录本和活跃调控元件的金标准，值得额外关注。

#paper DOI: 10.1038/nmeth.3364，MiXCR: software for comprehensive adaptive immunity profiling. 2015年，milaboratory推出了MiXCR软件，MiXCR是二代测序TCR/BCR免疫组库分析软件，能有效处理双端和单端测序，考虑序列质量，纠正PCR错误并识别种系超突变。 （1）MiXCR比对：将测序读数与T细胞或B细胞受体的V、D、J 和 C基因进行比对； （2）MiXCR组装：利用上一步获得的比对结果组装成克隆型（以提取特定基因区域，如 CDR3）； （3）结果导出和绘图：将比对结果或克隆型结果导出和绘图； MiXCR软件分学术版本和商业版本，软件封装得很好，几乎为所有商业/通用试剂盒开发了定制预配置的分析流程，单命令即可完成操作。