徐炳祥
(2026-01-31 21:09):
#paper doi: 10.1038/s41592-018-0033-z Nature methods, 2018, SAVER: gene expression recovery for single-cell RNA sequencing。本文是单细胞RNA-seq缺失值插补方面的经典论文之一。作者给出了一种能借助单细胞文库中其他细胞的基因表达水平填补单个细胞数据缺失的算法。算法利用泊松分布建模基因表达计数，用Gamma分布对其均值建模。利用细胞间基因表达水平的相互回归估计此Gamma分布的均值。通过假定变异率在细胞群体中恒定来估计Gamma分布的形状参数。最终实现确实表达水平的填补和测得表达计数的纠偏。在模拟和真实单细胞RNA-seq数据集中算法性能均得到了验证。本文为单细胞数据的缺失值插补提供了一个可行的理论框架，是后续众多研究的基础。
Nature Methods,
2018-7.
DOI: 10.1038/s41592-018-0033-z
SAVER: gene expression recovery for single-cell RNA sequencing
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Abstract:
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