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当前共有 987 篇文献,本页显示第 1 - 20 篇。

1.
2024, Nature Ecology & Evolution. DOI: 10.1038/s41559-024-02420-w
2024-06-19 06:01:00
#paper doi:10.1038/s41559-024-02420-w, Nature Ecology & Evolution, 2024, African elephants address one another with individually specific name-like calls. 这篇研究很有意思,作者通过对非洲象发出的声音及其行为进行分析,首次确认了非洲象能够使用个体特定的叫声来识别和称呼其他象。之所以开展这项研究,是因为作者作为生态学家,观察到非洲象拥有广泛的声音交流和丰富的社会关系,因此他推测大象很可能会给彼此起名字。于是他们录制了大象发出的声音,并使用随机森林等机器学习方法,将声音片段与该声音的接收对象建立联系,预测准确度达到27.5%,显著超过作为对照的随机声音的效果。更有趣的是,他们将声音回放给大象,并观察其反应,确认了当大象听到“自己的名字”时,它们会发出更大的叫声,并更快地向扬声器移动。作者认为,这项研究是一个“非常有希望的开端”,将“引出一系列可以研究的其他问题”,比如大象是否也会说出地点的名字,甚至会用第三人称谈论彼此,而这种称呼个体同类的社会需求,很可能会是语言起源的前身。
2.
2007, The Journal of Neuroscience. DOI: 10.1523/JNEUROSCI.2146-07.2007
2024-06-06 21:01:00
#paper Differential Recruitment of the Hippocampus, Medial Prefrontal Cortex, and the Human Motion Complex during Path Integration in Humans. J Neurosci. 2007. 路径整合能力指监测自我运动,追踪方向和位置的变化的能力,是空间导航和认知地图发展的关键。之前的研究表明动物的路径整合主要由头朝向细胞(head-direction)、网格细胞(grid cell)和位置细胞(place cell)支持,然而,在本文发表之前,对于人类路径整合细胞的脑网络基础还不清楚。因此,研究者检验人类被试在三角范式中的fMRI信号,以探究人类路径整合的脑网络是否与啮齿动物、非人类哺乳动物相似。研究主要结果如下:1-更强的右侧海马信号预测了更准确的路径整合表现;2-被试间反应一致性波动与双侧海马和内侧前额叶激活负相关;3-双侧人体运动复合体 (hMT+)回路与个体路径整合能力共变。综上,该研究首次证明视觉路径整合与海马、内侧前额叶、人体运动复合体有关。
3.
2022, Experimental Cell Research. DOI: 10.1016/j.yexcr.2022.113132
2024-06-06 01:44:00
#paper Sun Q, Zhang Y, Wang S, Yang F, Cai H, Xing Y, Zhou L, Chen S, Wang Y. LncRNA HOTAIR promotes α-synuclein aggregation and apoptosis of SH-SY5Y cells by regulating miR-221-3p in Parkinson's disease. Exp Cell Res. 2022 Aug 1;417(1):113132. doi: 10.1016/j.yexcr.2022.113132. Epub 2022 Apr 6. PMID: 35398161. 帕金森病 (Parkinson's disease,PD) 是一种常见的神经退行性疾病,其特征是神经元逐渐丢失。PD 的发病机制与细胞凋亡、炎症、氧化应激和 α-突触核蛋白聚集体的积累密切相关。本研究旨在探讨长链非编码RNA(long non-coding RNA ,lncRNA)HOX转录本反义RNA(HOX transcript antisense RNA,HOTAIR)在PD中的作用及其机制,文章研究检测了1-甲基-4-苯基-1,2,3,6-四氢吡啶盐酸盐(1-methyl-4-phenyl-1,2,3,6-tetrahydropyridine-hydrochloride,MPTP)处理的小鼠脑组织中HOTAIR、miR-221-3p和α-突触核蛋白的表达水平,探讨了HOTAIR对MPP +处理的SH-SY5Y细胞活力、凋亡、炎症和氧化应激的影响,并研究了HOTAIR/miR-221-3p/α-突触核蛋白的ceRNA调控网络。文章的研究结果显示,1、在 PD 模型中,HOTAIR 表达水平较高,而 miR-221-3p 表达水平较低。2、HOTAIR 敲低降低了 MPP+ 的神经毒性。3、HOTAIR降低了miR-221-3p的表达。4、α-突触核蛋白是 miR-221-3p 的靶基因。5、抑制 miR-221-3p 可逆转HOTAIR 敲低的神经保护作用。
4.
2023, Journal of Artificial Intelligence Research. DOI: 10.1613/jair.1.14329
2024-06-01 00:00:00
#paper, QNLP in Practice: Running Compositional Models of Meaning on a Quantum Computer, https://doi.org/10.1613/jair.1.14329,关于在量子硬件上设计和实现自然语言处理(NLP)模型的研究.量子自然语言处理(QNLP)旨在开发专门为在量子硬件上运行的NLP模型。本文展示了在中等规模噪声量子计算机(NISQ)上运行的首批NLP实验,处理超过100个句子的数据集。研究的目标不是展示量子对经典NLP任务的优势,而是探索在量子硬件上运行NLP模型的过程,并为AI和NLP研究社区提供详细说明。研究发现所有模型在模拟和实际量子硬件运行中均能平稳收敛,且结果符合预期。实验结果还显示了模型的句法敏感度与任务之间的关联,例如,在某些任务中仅需简单的单词检查即可正确分类,而在另一些任务中,句法结构的重要性则更高。研究发现所有模型在模拟和实际量子硬件运行中均能平稳收敛,且结果符合预期。实验结果还显示了模型的句法敏感度与任务之间的关联,例如,在某些任务中仅需简单的单词检查即可正确分类,而在另一些任务中,句法结构的重要性则更高。
5.
2023, Genetics in Medicine. DOI: 10.1016/j.gim.2023.100879
2024-05-31 23:44:00
#paper DOI:https://doi.org/10.1016/j.gim.2023.100879, Genetic in Medicine, 2023, Performance of prenatal cfDNA screening for sex chromosomes. 这篇文章的主要研究目的是评估和确认游离DNA (cfDNA) 筛查在未选择的产科人群中检测性染色体非整倍体 (SCAs) 的性能。采用的方法是基于SNP的实验方法,检测的性染色体异常包括monosomy X (MX) 和三种 sex chromosome trisomies (SCT: 47,XXX; 47,XXY; 47,XYY)。共有 17,538 例符合纳入标准。cfDNA 对 MX、SCT 和胎儿性别的性能分别在 17,297、10,333 和 14,486 个妊娠中进行了评估。cfDNA 对 MX 的敏感性、特异性和阳性预测值 (PPV) 分别为 83.3%、99.9% 和 22.7%;对 SCTs 的敏感性、特异性和阳性预测值分别为 70.4%、99.9% 和 82.6%。cfDNA 对胎儿性别预测的准确率为 100%。得出的结论是cfDNA 对 SCAs 的筛查性能与其他研究报告的结果相当。SCTs 的 PPV 与常染色体三体相似,而 MX 的 PPV 明显较低。在整倍体妊娠中,cfDNA 和产后遗传筛查的胎儿性别没有不一致。这些数据将有助于解释和咨询 cfDNA 性染色体结果。
6.
2003, IEEE Transactions on Industry Applications. DOI: 10.1109/TIA.2002.805572
2024-05-31 23:30:00
#paper doi:10.1109/TIA.2002.805572 IEEE Transactions on Industry Applications, 2002, Molecular structure of nucleic acids; A comparison between the axial flux and the radial flux structures for PM synchronous motors. 本文对比了两个外部定子一个内部转子的轴向磁通电机和一个外定子一个内转子的径向磁通电机,在电机总体积、单位损耗表面的损耗和气隙磁通密度保持不变的情况下,比较了两种电机结构的电磁转矩和转矩密度。证明当轴向长度短并且极数高的情况下,轴向磁通电机有优势
7.
2018, Nature Communications. DOI: 10.1038/s41467-017-02722-7
2024-05-31 23:28:00
#paper DOI: 10.1038/s41467-017-02722-7 Similar neural responses predict friendship 一个很有意思的研究,当我们处在群体当中时,我们有很明显的同质性趋向,另外个体也更倾向于和与自己更相似的人交朋友。那么朋友之间的相似性是否反映了我们在感知、解释和应对世界方面的更深层次的相似性?作者为了测试社交网络相似性与心理反应相似性的关系,使用功能性磁共振成像来扫描受试者在自由观看自然主义电影时的大脑。结果发现,朋友之间观看视听电影时的神经反应非常相似,并且在现实世界的社交网络中,这种相似性随着距离的增加而降低。这表明你和你的朋友越像你们在面对同一个事物的神经相似性可能也越高。
8.
2021, Nature Biotechnology. DOI: 10.1038/s41587-021-01033-z
2024-05-31 22:29:00
#paper doi: 10.1038/s41587-021-01033-z. Differential abundance testing on single-cell data using k-nearest neighbor graphs. 这个研究跳出了对细胞分群的框架,而是从一个细胞的邻居入手,比较组间的细胞比例差异
9.
2024, Nature Communications. DOI: 10.1038/s41467-024-46625-w
2024-05-31 22:17:00
#paper doi:10.1038/s41467-024-46625-w Shared inflammatory glial cell signature after stab wound injury, revealed by spatial, temporal, and cell-type-specific profiling of the murine cerebral cortex 文章是伤性脑损伤病理机制研究,处理小鼠被刺穿大脑灰质,3天后,进行脑部切片空转,皮层出现刺伤核心区域,常规思路是分析簇VI中上调的基因,进行富集通路分析;文章一个亮点是空间梯度分析,刺穿部位损伤引起的周围区域异质性的基因表达。文章作者提出一些观点,湿实验验证等。 我比较关注的一个分析点是,脑区空间细胞类型的注释;这个目前技术比较难实现,除非原位空转技术;一般策略是空转+单细胞联用,去卷积解析每个spot的细胞类型;目前同类算法也很多,但是受匹配数据的影响,空间注释的结果不敢云云,或者说这个预测结论很多不够牢靠。文章中也同样需要分析损伤脑区的细胞类型,针对核心损伤部位的细胞进行单细胞测序,通过Tangram算法预测空间位置信息,这个预测分析不属于重要结论。我粗浅地认为,空转的细胞类型注释,唯一能把握的是,在具体空间位置上基因的表达。
10.
2023, Nature Neuroscience. DOI: 10.1038/s41593-023-01259-x
2024-05-31 21:55:00
#paper doi:https://doi.org/10.1038/s41593-023-01259-x Molecular and network-level mechanisms explaining individual differences in autism spectrum disorder 该论文基于ASD患者功能连接和症状的相关情况,将ASD患者分为了三个亚型,并进一步探究了亚型间脑和基因的差异情况。对我而言其在CCA时做的特征筛选、模型验证等比较充分,且基因的部分还用brainspan数据集做了验证,可以参考。
11.
2023, 社区心理学研究.
2024-05-31 21:47:00
#paper 史晓宇,阮琳燕,何丽.他们为什么不上学?中学生拒绝上学影响因素的质性研究[J].社区心理学研究,2023,16(02):193-210. 国内有学者研究发现, 广州市中小学生拒学行为检出率为22. 5%,且拒学行为的检出率随年龄增长呈上升趋势, 小学阶段处于较低水平(4. 5%), 进入中学阶段陡升(24. 6%), 整个初中阶段约1/3 的学生有拒学行为, 到高中阶段, 拒学行为的检出率高达37. 6%。 论文采用质性研究取向的个案研究法,选取了北京市7名拒学中学生及其父母进行半结构式深度访谈。结果显示,在个人层面,主要是人际敏感、完美主义的鲜明特质;在学校层面,包括残酷的竞争与学业压力、高压高控的管理风格、面临危机的师生关系、倍感受伤的同伴群体、返校复学的重重障碍;在家庭层面,包括矛盾重重的父母关系、愈演愈烈的亲子冲突、日积月累的负面情绪、纠结复杂的二胎家庭、混乱失调的家庭功能;利弊难辨的新事物,包括网络与手机、电竞游戏、偶像练习生;精神医学层面,包括抑郁、焦虑状态。这些因素相互影响,最终导致了中学生拒学行为。 可惜的是,本论文分析比较浅,只是指出“中学生拒学行为的发生反映了个体的不适当性及社会系统的失衡,是学生个人、家庭、学校和社会因素相互作用的结果”,没有更深刻的洞见。
12.
2023, Cell. DOI: 10.1016/j.cell.2023.08.003
2024-05-31 17:01:00
小W:
#paper doi:10.1016/j.cell.2023.08.003 Biomarkers of aging for the identification and evaluation of longevity interventions 这是一篇介绍衰老生物标志物术语和表征框架的文章,描述了衰老领域关键术语,从监管和应用角度对生物标志物进行分类、对生物标志物的评估等方面建立共识,并介绍了现有的生物标志物、衰老时钟和试验。总体是一个PPT式的论文,其对于衰老术语和表征框架感觉还有欠缺,但其对于衰老研究的思考,以及提到的衰老领域的研究资源和试验还是值得去看一看。
13.
2024, Science. DOI: 10.1126/science.adh0755
2024-05-31 16:03:00
#paper Defective pollen tube tip growth inducesneo-polyploid infertility, Science,1 March 2024, DOI: 10.1126/science.adh0755. 多倍体过程与植物的进化和适应有关。自然环境中的多倍体植物形成能够进行有性生殖,而利用技术新形成的多倍体个体通常完全或几乎完全不育,不容易繁殖。研究人员利用二倍体和自然形成四倍体和秋水仙素处理的新四倍体以及新形成的四倍体与自然形成的四倍体的杂交子一代,通过鉴定其花粉管的生长速率、花粉大小、花粉管等状态鉴定出新四倍体有差异,后续发现是因为新四倍体的花粉管缺乏正常的钙离子浓度梯度,导致花粉管中微管蛋白分布异常,导致花粉管中细胞壁的酸性果胶酯化分布异常。对上述材料的花粉管进行转录组分析,鉴定到一些钙信号相关的基因。结合全基因组测序分析,发现两个基因AGC1.5和ACA8在多倍体和二倍体植物件存在显著差异,表明在多倍体中受到强烈的正向选择,且基因的表达模式存在不同程度的差异。
14.
2023, Cell. DOI: 10.1016/j.cell.2022.12.027
2024-05-31 15:19:00
#paper https://doi.org/10.1016/j.cell.2022.12.027 Cell. 2023 Loss of epigenetic information as a cause of mammalian aging 衰老过程伴随着信息丢失。遗传信息(DNA层面)和表观遗传信息(DNA组蛋白修饰等)可以类比为生物体的硬件和软件,这两个层面的信息丢失都有可能导致衰老。这篇文章主要是通过不引起突变的DNA双链断裂,利用细胞修复DNA的过程破坏其表观遗传信息全景。验证了在只有表观遗传信息丢失的情况下,哺乳动物细胞展现出了衰老特征,例如细胞特征的丢失,细胞休眠等。后续实验通过表观遗传重编程又将细胞拉回到年轻的状态,验证了表观遗传信息的丢失能够导致衰老,且该变化在一定程度上是可逆的。
15.
2024, arXiv.
2024-05-31 07:31:00
#paper doi:https://doi.org/10.48550/arXiv.2403.10131 RAFT: Adapting Language Model to Domain Specific RAG 简单但有效的思路。传统大模型变为领域 应用,我们可以微调也可以使用rag,但微软说,我们可以应该基于rag微调。RAFT 是一种将预训练的大型语言模型微调到特定领域 RAG 设置的通用方法。在特定领域 RAG 中,模型需要根据特定领域的一组文档回答问题,例如企业中的私有文件。这与通用 RAG 不同,因为通用 RAG 中的模型并不知道它将在哪个领域进行测试。简单来说,微调是闭卷考试,靠记忆回答。rag是开卷开始,虽然我没记忆,但是考试的时候可以翻书,那么raft就是开卷考试前,我还是先看了一下教科书,虽然没看全,但是大概知道考题长什么样子,但没关系,因为考试的时候我还可以翻书。
16.
2024, arXiv. DOI: 10.48550/arXiv.2403.14088 arXiv ID: 2403.14088
2024-05-30 15:52:00
#paper  Protein Conformation Generation via Force-Guided SE(3) Diffusion Models  https://doi.org/10.48550/arXiv.2403.14088 字节跳动的一个新工作,还是蛋白质构象生成,还是SE(3) diffusion model, 不过区别于常见的静态构象的生成,这个工作提出了动态构象的生成, 这当然有意义的多,毕竟真实世界的蛋白质构象是动态的,是一个构象分布。文章引入物理信息作为guidance,这个思路很有意思,因为这样既可以 兼顾物理系统的先验,又回避了类似md这样的纯模型计算的性能问题,类似将md的计算进行了抽象,形成先验,作为guidance,然后利用生成模型进行生成。
17.
2023, 2022 IEEE Asia Pacific Conference on Circuits and Systems (APCCAS). DOI: 10.1109/APCCAS55924.2022.10090281
2024-05-30 13:53:00
#paper Luo S, Xie Z, Chen G, et al. Hierarchical DNN with Heterogeneous Computing Enabled High-Performance DNA Sequencing[C]//2022 IEEE Asia Pacific Conference on Circuits and Systems (APCCAS). IEEE, 2022: 35-40. 这篇论文采用深度学习算法进行第二代基因测序。算法AYB是所有测序算法中精度最高的,但是随着推移荧光信号减弱,AYB算法处理效果并不好,并且它也难以解决DNA的phasing效应。而深度学习方法则能很高的解决上述问题。它首先通过前5个循环的采集到的荧光图像检测cluster的位置,提取后续cluster强度,再通过传统通道校正算法校正强度色差,然后将校正后的结果输入到DNN中判断碱基类别。实验结果表明,深度学习的方案相比于传统算法能够多检测出12.18%的reads数量,且碱基的分类错误率从0.1432% 降到0.0175%
18.
2010, European Journal of Immunology. DOI: 10.1002/eji.201040307
2024-05-30 11:40:00
#paper Alpha2beta1 integrin is the major collagen-binding integrin expressed on human Th17 https://doi.org/10.1002/eji.201040307 这篇论文研究了人类Th17细胞中胶原结合整合素α1β1和α2β1的表达和功能。主要发现如下: Th17细胞在分化过程中更倾向于上调α2β1整合素(也称为VLA-2),而不是α1β1整合素(VLA-1)。 大多数Th17细胞表达α2整合素亚基,而只有少数表达α1整合素亚基。 Th17细胞通过α2β1整合素粘附于I型和II型胶原,但不粘附于IV型胶原。 α2β1整合素与I型和II型胶原的结合可共刺激人类Th17细胞产生IL-17A、IL-17F和IFN-γ。 我说过很多次,胶原蛋白用作敷料和护肤品根本就不是为了透皮吸收!!!!!!!就是卡在细胞间就能起作用!!!!这帮白痴 ,气死我了!
19.
2024, Nature. DOI: 10.1038/s41586-024-07556-0
2024-05-30 11:08:00
#paper A deep catalogue of protein-coding variation in 983,578 individuals. Nature. 2024 May 29. doi: 10.1038/s41586-024-07556-0. 在本篇文章中,作者通过对983,578个不同人群进行外显子测序,建立了一个涵盖多种人群的蛋白质编码变异目录。研究数据中,23%的样本来自非欧洲人群,包括非洲、东亚、美洲土著、中东和南亚血统。这一目录包含了超过1040万个错义变异和110万个预测的功能缺失变异(pLOF)。作者识别出了4848个基因中的罕见双等位基因pLOF变异,其中1751个基因是首次报道。此外,研究还识别出了3988个对功能缺失不耐受的基因,这些基因中包括86个以前被评估为耐受的基因和1153个缺乏已知疾病注释的基因。这项研究通过对大规模多样人群的外显子测序,丰富了我们对人类蛋白质编码变异的理解,并为精准医学提供了宝贵资源。特别是该研究强调了基因约束和变异频率在不同人群中的差异,揭示了基因功能与疾病风险之间的复杂关系,尤其是在识别和解释罕见的有害变异方面。然而,该研究的一个限制是其主要依赖于短读测序数据,可能对某些变异类型的准确性有所不足。
20.
2024, Genome Biology. DOI: 10.1186/s13059-024-03269-9
2024-05-30 10:59:00
#paper doi: 10.1186/s13059-024-03269-9 Genome Biology, 2024, Breaking down causes, consequences, and mediating effects of telomere length variation on human health。众所周知,端粒长度是细胞衰老凋亡和生物体寿命的重要指标,然而目前人们对影响端粒长度的公共卫生因素及端粒长度缩短可能导致的公共卫生后果的研究尚不充分。本文基于UKBioBank的大规模人群队列信息,借助孟德尔随机化技术分析了端粒长度缩短的风险因素及其可能导致的结局。作者发现饮酒、肥胖、尿酸高、女性生育等是端粒缩短的风险因素,而戒烟和教育水平提升是其保护因素。此外,作者发现端粒的缩短与心血管事件、肺病和自身免疫病等结局间存在因果关系。本文是一项标准的分子流行病学研究,通过学习其方法,读者可进一步总结基于公共数据开展分子流行病研究的研究思路,也可以学习如何开展大型数据的孟德尔随机化。
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