孤舟蓑笠翁 (2025-06-27 20:15):
#paper 【doi】10.1016/j.cell.2025.05.047；【发表年份】2025年；【期刊】Cell；【标题】A Drosophila single-cell 3D spatiotemporal multi-omics atlas unveils panoramic key regulators of cell-type differentiation。【内容总结】这篇论文想全面研究果蝇从胚胎到蛹期的发育过程，看看不同细胞类型是怎么形成的。他们用了三种方法：Stereo-seq（单细胞空间转录组测序）、scRNA-seq（单细胞转录组测序）和scATAC-seq（单细胞染色质可及性测序），把这些数据整合起来分析。具体来说，他们收集了43个胚胎、9个幼虫和5个蛹的样本，用Stereo-seq做了3D空间转录组，还做了单细胞转录组和表观组测序。通过整合这些数据，他们重建了果蝇发育的3D模型，找到了控制细胞分化的关键因子，特别是在中肠发育中发现了一个叫exex的新调控因子，它和已知的lab基因一起控制铜细胞的分化。简单说就是用了多种测序技术，把果蝇发育过程从头到尾看了一遍，找到了控制细胞变成不同种类的"开关"基因，特别是发现了中肠里铜细胞怎么长出来的新机制。
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