哪有情可长 (2024-11-30 21:45):
#paper Pan-genome bridges wheat structural variations with habitat and breeding,Nature,doi.org/10.1038/s41586-024-08277-0文章对中国育种过程中具有代表性的17个品种进行从头组装和注释。通过整合17个新组装的基因组和4个先前发表的基因组(CS、Fielder、Kariega和Attraktion)进行泛基因组分析,并通过直系同源基因鉴定,将21个基因组中的基因归类为170,517个潜在基因家族。后续对不同时期(50-60年代、80-90年代和2000年以后)基因组中NLR基因的拷贝数进行分析,发现80-90年代育成审定的小麦品种,如XY6和YM158,具有最多的NLR基因拷贝数。随着时间推移,CC-NBARC-LRR基因的拷贝数略有下降,而其他NLR基因(如NBARC-LRR)的变化不显著。对小麦春冬性基因 VRN-A1和籽粒硬度性状基因PIN基因的结构变异进行分析,发现不同的生态型跟环境和人文饮食习惯相关。该研究一方面扩大了小麦现有的参考基因组,在测序材料选择方便考虑到中国育种过程的材料品种和饮食习惯相结合,文章的故事性更丰富。此外文章关注了小麦育种的抗性蛋白NLR基因,为后续的小麦抗性育种研究提供了宝贵的资源。
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