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龙海晨 (2025-09-12 14:35):
#paper 龙海晨,廖新华,杜 丽,等.宫颈癌相关基因差异表达生物信息学初步分析[J].医学信息,2025,38(11):1-6,21.[doi:10.3969/j.issn.1006-1959.2025.11.001]  LONG Haichen,LIAO Xinhua,DU Li,et al.Preliminary Bioinformatics Analysis of Differentially Expressed Genes Related to Cervical Cancer[J].Journal of Medical Information,2025,38(11):1-6,21.[doi:10.3969/j.issn.1006-1959.2025.11.001] 这是我作为第一作者和通讯作者发表在国内核心期刊上的文章。利用R语言编程进行数据挖掘,通过TCGA数据库的数据分析宫颈癌中的差异表达基因,使用STRING数据库和Cytoscape软件进行蛋白互作网络分析,通过KEGG数据库,GO数据库进行信号通路富集分析。使用数据库GEPIA2对宫颈癌正常组织与肿瘤组织中基因表达进行分析。分析TCGA数据库中307例患者样本信息12 499个基因,发现上调基因1210个,下调基因1156个;蛋白互作网络分析得到88个相关基因,其中神经细胞粘附分子(NCAM1)基因最为关键。KEGG富集分析显示这些差异基因主要参与受体结合相关通路,GO富集分析显示这些差异基因涉及的生物学功能包括:肌肉、细胞基质、氨基酸结合这三个方面。通过生存分析发现宫颈癌患者高表达NCAM1基因有不良预后。这是我自学生物信息学后写的第一篇纯生物信息学的文章,去年就接收了,因为杂志排期的原因,今年才见刊。在这之前写过分子生物学和生物信息相结合的SCI,我的另一篇纯生信的SCI接收的比这篇晚,发表的比这篇早。算起来,这应该是我纯生信的第一次尝试,内容属于比较初级的练手之作。如果再让我写类似的,会比这篇成熟很多。
Abstract:
目的:通过生物信息学方法,利用R语言编程进行数据挖掘,寻找宫颈癌中有意义的基因。方法:从TCGA数据库下载宫颈癌患者临床信息以及RNA-seq数据。使用R语言limma包进行差异表达分析,筛选差异表达基因。使用STRING数据库和Cytoscape软件进行蛋白互作网络分析。使用R语言clusterProfiler包通过KEGG数据库,GO数据库进行信号通路富集分析。使用数据库GEPIA2对宫颈癌正…… >>>
目的:通过生物信息学方法,利用R语言编程进行数据挖掘,寻找宫颈癌中有意义的基因。方法:从TCGA数据库下载宫颈癌患者临床信息以及RNA-seq数据。使用R语言limma包进行差异表达分析,筛选差异表达基因。使用STRING数据库和Cytoscape软件进行蛋白互作网络分析。使用R语言clusterProfiler包通过KEGG数据库,GO数据库进行信号通路富集分析。使用数据库GEPIA2对宫颈癌正…… <<<
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