#paper Yamashita S, Tanaka M, Ida C, Kouyama K, Nakae S, Matsuki T, Tsuda M, Shirai T, Kamemura K, Nishi Y, Moss J, Miwa M. Physiological levels of poly(ADP-ribose) during the cell cycle regulate HeLa cell proliferation. Exp Cell Res. 2022 Aug 1;417(1):113163. doi: 10.1016/j.yexcr.2022.113163. Epub 2022 Apr 18. PMID: 35447104; PMCID: PMC10009817. PAR: Poly(ADP-ribose) ;PARG Poly(ADP-ribose) glycohydrolase ; PARP Poly(ADP-ribose) polymerase ;该文章在在不使用PARG抑制剂的情况下量化了HeLa细胞整个细胞周期内PAR的基本水平，发现S期的PAR水平显着高于G1期，其次非应激条件下PAR的半衰期小于40秒，这与S期大量NAD +的消耗一致，这是由PARP抑制剂挽救的。第三，PARP抑制剂使细胞周期延迟至S期。第四，S期期间PAR水平的增加与PARP1、PARG、NAD +和pERK2的水平无关。第五，纯化的 PARP1 在 DNA 不存在的情况下被组蛋白 H4 激活。PARP 抑制剂延迟 S 期细胞周期并减少细胞增殖。

#paper Catta-Preta CMC, de Azevedo-Martins AC, de Souza W, Motta MCM. Effect of the endoplasmic reticulum stressor tunicamycin in Angomonas deanei heat-shock protein expression and on the association with the endosymbiotic bacterium. Exp Cell Res. 2022 Aug 1;417(1):113162. doi: 10.1016/j.yexcr.2022.113162. Epub 2022 Apr 20. PMID: 35460679.这是一篇研究细胞基础结构方面的文章，文章用锥虫细胞为对象研究内质网（ER）应激。用衣霉素Tunicamycin (TM) 作为诱导剂，研究热休克蛋白Hsp90 表达变化。通过超微结构和蛋白质组学方法研究了TM在单胞菌及其共生细菌之间的关联中的作用。所获得的数据表明了ER对原核生物和真核生物之间共生关系的适应和维持的重要性。

#paper Ahmed Mostafa G, Mohamed Ibrahim H, Al Sayed Shehab A, Mohamed Magdy S, AboAbdoun Soliman N, Fathy El-Sherif D. Up-regulated serum levels of interleukin (IL)-17A and IL-22 in Egyptian pediatric patients with COVID-19 and MIS-C: Relation to the disease outcome. Cytokine. 2022 Jun;154:155870. doi: 10.1016/j.cyto.2022.155870. Epub 2022 Apr 4. PMID: 35398721; PMCID: PMC8977483.这是一篇研究新冠感染儿童血清中各种细胞因子与新冠严重程度的文章。检测患者40名（其中 18 名患者患有 COVID-19，22 名患者患有多系统炎症综合征“MIS-C”）年龄从两个月到16周岁，48名健康儿童作为对照组。COVID-19 和 MIS-C 患者的血清 IL-17A 和 IL-22 水平显着高于健康对照儿童。患者的血清 IL-17A 和 IL-22 水平均升高。90% 的患者发现 CRP 和血清铁蛋白水平升高。IL-17和IL-22都被认为是组织信号细胞因子，有利于肺、皮肤和胃肠道等上皮屏障器官的保护和再生。IL-17 和 IL-22 在宿主抵御微生物以及急性和慢性炎症性疾病的发展中发挥着重要作用。但康复的患者与死亡的患者生前留存的血清中对比 IL-17A、IL-22 没有显著差异， IL-17A、IL-22 的升高与否不能作为预后指标。

#paper Matarazzo L, Hernandez Santana YE, Walsh PT, Fallon PG. The IL-1 cytokine family as custodians of barrier immunity. Cytokine. 2022 Jun;154:155890. doi: 10.1016/j.cyto.2022.155890. Epub 2022 Apr 21. PMID: 35462264.这是一篇介绍白介素1（IL-1）的综述，文章介绍了白介素家族成员的性质，人体相关的器官与白介素的关系，白介素相关的疾病，包括肺部，皮肤，肠道。不同的白介素在人体不同疾病中的作用。如何发挥免疫作用。

#paper Zhang W, Ma Z, Wu Y, Shi X, Zhang Y, Zhang M, Zhang M, Wang L, Liu W. SARS-CoV-2 3C-like protease antagonizes interferon-beta production by facilitating the degradation of IRF3. Cytokine. 2021 Dec;148:155697. doi: 10.1016/j.cyto.2021.155697. Epub 2021 Sep 3. PMID: 34509038; PMCID: PMC8413301. 文章通过对转染SARS-CoV-2的293T细胞（人）。研究感染病毒后，细胞的 RLR 通路，发现感染后，I 型干扰素的产生受到 SARS-CoV-2 3CL的显著影响。

#paper Janbazacyabar H, van Bergenhenegouwen J, Varasteh S, Garssen J, Folkerts G, Braber S. Repeated exposure of bronchial epithelial cells to particular matter increases allergen-induced cytokine release and permeability. Cytokine. 2022 Jun;154:155878. doi: 10.1016/j.cyto.2022.155878. Epub 2022 Apr 8. PMID: 35405483. 这是一篇研究暴露在颗粒污染物下与过敏的文章。作者构建了一个通有电极的细胞模型。用以模拟检测长期暴露在柴油废气颗粒物环境下细胞的过敏反应。为进一步研究呼吸道在重污染下的过敏，哮喘提供了基础。

#paper Chaves DG, de Oliveira LC, da Silva Malta MCF, de Oliveira IR, Barbosa-Stancioli EF, Teixeira MM, Martins ML. Pro-inflammatory immune profile mediated by TNF and IFN-γ and regulated by IL-10 is associated to IgG anti-SARS-CoV-2 in asymptomatic blood donors. Cytokine. 2022 Jun;154:155874. doi: 10.1016/j.cyto.2022.155874. Epub 2022 Apr 4. PMID: 35397248; PMCID: PMC8977499. 文章是巴西在新冠时期做的研究，对7837名献血者做的研究检测血液中的抗体水平。发现症状严重的TNF、IFN-γ和IL-10浓度较高。症状的严重程度与IgG抗体的中和能力有关。而IgG抗体的中和能力和血清的CCL5和CXCL10显著相关。文章据此假设维持在IL-10调节良好的促炎微环境中可以提高对新冠的免疫适应性。

#paper Falahi S, Zamanian MH, Feizollahi P, Rezaiemanesh A, Salari F, Mahmoudi Z, Gorgin Karaji A. Evaluation of the relationship between IL-6 gene single nucleotide polymorphisms and the severity of COVID-19 in an Iranian population. Cytokine. 2022 Jun;154:155889. doi: 10.1016/j.cyto.2022.155889. Epub 2022 Apr 19. PMID: 35461173; PMCID: PMC9015956. 这是一篇2022年发表的新冠研究的文章。这个杂志影响因子3.8，对于这个杂志我真是感情复杂，当初我2022年投稿该杂志，他们说我不适合在他们这发表，然后给我推荐了另一个杂志，是杂志内部推荐，我的文章自动过去，然后他推荐的那个杂志把我拒稿了。现在，我很感谢他们当初的不发之恩，最后我的文章在4.6的杂志上发表还是中科院的Top期刊。这是一篇阴性结果的研究，估计就因为蹭了当时新冠的热点得以发表。做的实验不多研究的也简单，就是SNP位点的，研究的伊朗克尔曼沙赫库尔德人，共346人（175名重度新冠肺炎患者和171名轻度新冠肺炎患者）分析白细胞介素-6（IL-6）基因多态性，从患者外周血白细胞中提取基因组DNA以确定三个选择的SNPs的基因型（rs1800795（−174 G>C）、rs1800796（−572 G>C，和rs1800797（−597 G>A）），结果表明这些SNP与伊朗克尔曼沙赫库尔德人口中新冠肺炎的严重程度无关。SNP，阴性结果，如果不是当初新冠的热度，估计发不了这么高分的杂志。

#paper Fairley JA, Cheetham MH, Patton SJ, Rouleau E, Denis M, Dequeker EMC, Schuuring E, van Casteren K, Fenizia F, Normanno N, Deans ZC. Results of a worldwide external quality assessment of cfDNA testing in lung Cancer. BMC Cancer. 2022 Jul 12;22(1):759. doi: 10.1186/s12885-022-09849-x. PMID: 35820813; PMCID: PMC9275131. 文章是对世界范围内用cfDNA检测肺癌的进行质量评估。45个国家304家注册实验室中有264个实验室提交了结果。排除无法从人造血浆中提取DNA的实验室，大多数实验室获得了准确的结果，对于不同的基因突变采用不同的检测手段准确率不同。实验证明了CFDNA检测肺癌的可行性。

#paper Sun M, Ji H, Xu N, Jiang P, Qu T, Li Y. Real-world data analysis of immune checkpoint inhibitors in stage III-IV adenocarcinoma and squamous cell carcinoma. BMC Cancer. 2022 Jul 13;22(1):762. doi: 10.1186/s12885-022-09843-3. PMID: 35831785; PMCID: PMC9277844. 这是一篇临床上回顾性研究肺癌的文章，主要研究对象：III-IV期肺腺癌和鳞状细胞癌患者。使用免疫检查点抑制剂immune checkpoint inhibitors (ICIs)方法治疗后的情况。对315名患者使用ICIs疗法，并对患者进行评估，发现，ICIs对肺癌患者有良好的疗效，显著提高了患者生存期中位数，也缓解了症状。从结果数据看，使用ICIs也存在不良反应。

#paper Haichen Long, Yangyang Li, Huijuan Wang, Bingxuan Guo, Shuyan Song, Xiangyi Zhe, Hongtao Li, Dongmei Li, Renfu Shao, Zemin Pan . C/EBPβ expression decreases in cervical cancer and leads to tumorigenesis. BMC Cancer. 2023 Jan 24;23(1):79. doi: 10.1186/s12885-023-10543-9. PMID: 36694148; PMCID: PMC9872280. 这是我第一次作为第一作者在中科院Top期刊上发的文章，也是2023年发的第二篇文章。是群里分享的第三篇我作为作者的文章。目的是研究C/EBPβ蛋白在宫颈肿瘤发生和发展中的作用。整个过程中，我们采用定量RT-PCR分析临床标本（10例宫颈癌组织标本和10例相应正常宫颈组织标本）中C/EBPβ、miR-661和MTA1 mRNA的表达。应用免疫组织化学方法分析381例临床标本C/EBPβ、80例临床标本Ki67和60例临床标本PCNA蛋白的表达。采用MALDI-TOF MassARRAY分析C/EBPβ基因甲基化（13例宫颈癌症组织和13例相应的正常宫颈组织）。采用CCK-8分析宫颈癌症细胞系的细胞增殖情况。采用蛋白质印迹和免疫组织化学方法检测C/EBPβ蛋白的表达水平，并用定量RT-PCR分析mRNA的表达。采用流式细胞术检测细胞周期分布和细胞凋亡。进行集落形成、Transwell、细胞侵袭和伤口愈合测定以检测细胞迁移和侵袭。 通过实验，我们证明了，C/EBPβ在宫颈癌症组织中降低，C/EBP-β基因在宫颈癌症细胞中的过度表达可以抑制增殖、侵袭和迁移。

#paper Weinan Zheng, Fuyuan Jin, Fang Wang, Luyue Wang, Shaowei Fu, Zemin Pan, Haichen Long. Analysis of eEF1A2 gene expression and copy number in cervical carcinoma. Medicine (Baltimore). 2023 Jan 13;102(2):e32559. doi: 10.1097/MD.0000000000032559. PMID: 36637958; PMCID: PMC9839279. 这是我第一次作为独立通讯作者发的文章也是2023年发的第一篇文章。是群里分享的第二篇我作为作者的文章。因为是阴性结果，没有发到太好的杂志。杂志要求补实验数据时，赶上疫情，封在家里，所以用生物信息学补的。这是一篇分子生物学和生物信息学相结合的文章。主要研究eEF1A2基因拷贝数与宫颈癌患者临床分期、病理分级和患者生存率之间的关系。QPCR分析样本拷贝数。生物信息学数据库分析相关数据。发现，eEF1A2基因在癌症组织中发生突变。eEF1A2基因拷贝数与子宫颈癌症组织中eEF1A1基因表达的变化无关。

#paper Sun M, Ji H, Xu N, Jiang P, Qu T, Li Y. Real-world data analysis of immune checkpoint inhibitors in stage III-IV adenocarcinoma and squamous cell carcinoma. BMC Cancer. 2022 Jul 13;22(1):762. doi: 10.1186/s12885-022-09843-3. PMID: 35831785; PMCID: PMC9277844. 文章对肺癌的鳞癌和腺癌患者接受免疫检查抑制治疗immune checkpoint inhibitors (ICIs)进行回顾性研究，评估ICIs的疗效和安全性。发现，ICIs对癌症患者有良好的疗效，并显著改善ORR和PFS。objective response rate (ORR) ，客观缓解率，是一种直接衡量药物抗肿瘤活性的指标，ORR反应了肿瘤药物治疗后，肿瘤缩小或被消灭的概率。无进展生存期（progression free survival，PFS）这个名词通常用在中晚期癌症，肿瘤侵犯范围比较大，或是发生转移的病人。病人的治疗目的是控制癌细胞生长不要继续恶化，改善病人的生活品质及延长生命。例如，4期肺癌病人接受标靶药物治疗，一年无进展生存期几率是30％，表示开始治疗追踪一年后，有3成的病人能够控制住肺癌。

#paper Toama W, Wiederin J, Shanley R, Jewett P, Gu C, Shenoy C, Nijjar PS, Blaes AH. Impact of pectoralis muscle loss on cardiac outcome and survival in Cancer patients who received anthracycline based chemotherapy: retrospective study. BMC Cancer. 2022 Jul 13;22(1):763. doi: 10.1186/s12885-022-09882-w. PMID: 35831837; PMCID: PMC9281070. 文章回顾研究了几种癌症患者用蒽环类药物化疗后胸肌质量指数（pectoralis muscle mass index，PMI）与总体死亡率，主要心脏事件（Major Adverse Cardiovascular Events，MACE）生存率间的关系。（这里给大家解释几个专业名词MACE通俗讲解就是与心脏相关的不好的事情，例如，1，心脏原因引起的死亡；2，发生非致命的心肌梗死；3；发生非致命的心血管事件。具体点来说，日常遇到的，复发心绞痛、急性心肌梗死、严重心律失常、心力衰竭、冠心病死亡，心血管疾病事件，心衰，缺血性心血管事件，心源性死亡。PMI是计算胸肌的一个指标，有点类似于我们日常生活中的BMI，PMI：胸大肌面积 [cm 2 ]/身高2 [m 2 ]）文章对474名癌症患者进行了回顾性分析，发现，接受蒽环类药物治疗的患者治疗前胸肌指数越高，发生 MACE 的风险越低。认为对化疗前检测PMI，尤其是对肌肉减少症患者化疗前进行干预预防能有效减少患者的MACE风险。

#paper Yan Y, Ma Z, Ji X, Liu J, Ji K, Li S, Wu Q. A potential decision-making algorithm based on endoscopic ultrasound for staging early gastric cancer: a retrospective study. BMC Cancer. 2022 Jul 13;22(1):761. doi: 10.1186/s12885-022-09870-0. PMID: 35831843; PMCID: PMC9281103. 文章是研究内镜超声分析所得到的图像与胃癌早期分型间的关系，通过研究影像中肿瘤位置，是否胃溃疡，分化程度，肿瘤大小等指标，建立相关的算法，计算肿瘤分期，确定相应的治疗方案。为早期胃癌诊断治疗提供了一种决策算法。

#paper Feng H, Cao B, Peng X, Wei Q. Cancer-associated fibroblasts strengthen cell proliferation and EGFR TKIs resistance through aryl hydrocarbon receptor dependent signals in non-small cell lung cancer. BMC Cancer. 2022 Jul 13;22(1):764. doi: 10.1186/s12885-022-09877-7. PMID: 35831824; PMCID: PMC9281029.文章属于研究肿瘤的领域。进一步描述了CAF在癌症EGFR-TKIs耐药性发展中的作用。阐述了CAF与EGFR TKIs耐药相关的潜在机制，其依赖于Kyn/AhR/AKT/ERK信号通路。阻断AhR可有效改善EGFR TKIs的结果，为临床治疗癌症提供了一种新的策略。

#paper Rosen D B, Murphy E A, Gejman R S, et al. Cytokine response over the course of COVID-19 infection in pregnant women[J]. Cytokine, 2022, 154: 155894. PMID: 35490452 PMCID: PMC9035355 DOI: 10.1016/j.cyto.2022.155894 这是研究新冠的文章。发表于2022年。样本是2020年3月到4月纽约市医院的。说明一下，那时候的新冠还不是现在低毒的奥密克戎，是最早的新冠病毒。文章研究的是妊娠期孕妇感染新冠后的血清情况。还有针对相应的细胞因子的治疗。回想2020年初新闻上自媒体上好多是在新冠上黑美国。其实公共防疫各国国情不同。美国的情况把人关房子里老百姓不答应。但对于高精尖层面的研究，2020年3月的时候咱们的核酸检测都没普及。美国治疗方法都到了对应不同人群和不同细胞因子的研究。文章对比分析了新冠阴性和阳性的孕妇细胞因子的水平。以及阳性孕妇不同感染时期各种细胞因子的水平。发现晚期妊娠妇女的细胞因子谱随感染的时间进程而变化，并与临床严重程度相关。

#paper Wang L, Jiang D, Zhang L. A thermophilic 8-oxoguanine DNA glycosylase from Thermococcus barophilus Ch5 is a new member of AGOG DNA glycosylase family[J]. Acta biochimica et biophysica Sinica.PMID: 35713316 DOI: 10.3724/abbs.2022072 DNA中的8-氧代胍（8oxoguanine，8oxoG）是一种主要的氧化碱基，对基因组稳定性构成严重威胁。细胞已经进化出8oxoG-DNA糖苷酶（OGG）来抵消8oxoG在DNA中产生的诱变。目前，OGG酶分为三个家族：OGG1、OGG2和AGOG。文章研究发现，来自超嗜热性欧氏菌T嗜酸乳杆菌Ch5的Tb-AGOG能在75-95摄氏度pH9.0的时候去除8oxoG有最大效率。Tb-AGOG是一种双功能DNA糖苷酶，具有糖苷酶活性和AP裂解酶活性。文章阐述了AGOG的作用机制。Tb-AGOG中的残基D41和D229对催化至关重要。

#paper Vicente M, Schlebusch C M. African population history: an ancient DNA perspective[J]. Current Opinion in Genetics & Development, 2020, 62: 8-15. PMID: 32563853  DOI: 10.1016/j.gde.2020.05.008 上次我分享了基因和考古相关的一篇实验论著，结果几天后公布的诺贝尔奖和这项技术相关。发现群里不少人对这个方向感兴趣。这次给大家推荐一篇综述。这篇综述所涉及的领域就是通过一个古老的DNA视角去看非洲的人口历史。如果对于基因考古感兴趣的朋友，除了这篇综述之外，该综述的参考文献也推荐阅读。这篇文章通过总结相关的研究文献。通过研究非洲大陆现代人类，古代人类，远古人类的遗传基因，与考古发现相关联对比，研究非洲大陆从狩猎采集到农耕文明以及现代的文明发展。从现代和史前非洲人的不同群体中获得完整的基因组数据。随着这项技术的发展，未来的古代DNA研究有望 揭示更详细的非洲人类史前故事。人类的历史研究以前通过考古文字，基因技术的加入，可以把研究人类的历史推进到没有文字没有金属的远古时代。基因技术不仅研究未来，也研究过去。文章介绍了考古所用的ancient DNA 的技术发展。在非洲大陆上考古，各个地区，国家，部落，文明的研究与基因技术考古的运用。对基因考古人类文明感兴趣的朋友，推荐阅读该文章和文章的参考文献。

#paper Rowold D, Garcia-Bertrand R, Calderon S, Rivera L, Benedico DP, Alfonso Sanchez MA, Chennakrishnaiah S, Varela M, Herrera RJ. At the southeast fringe of the Bantu expansion: genetic diversity and phylogenetic relationships to other sub-Saharan tribes. Meta Gene. 2014 Oct 2;2:670-85. doi: 10.1016/j.mgene.2014.08.003. PMID: 25606451; PMCID: PMC4287857. 这是一篇研究撒哈拉以南的非洲的部落扩张的文章，介绍这篇文章，主要是因为咱们群里是多学科融合，我觉得咱们可以逐步开展合作。一般来说，研究几个文明的关系，通常可能从考古，人文，文化方面。这篇文章是通过对基因的分析研究来论证一个种族部落文明的迁徙发展的。通过对基因的研究分析，画出了班图人发源，迁徙，发展的路线。相当于把基因研究、数据分析运用在人文研究方面做出某些论证。咱们群里也可以试着开展合作。