颜林林
(2022-03-06 20:48):
#paper doi:10.1101/2021.07.19.452956, bioRxiv, 2022, The Tabula Sapiens: a multiple organ single cell transcriptomic atlas of humans. 这是一篇preprint,介绍了对于单细胞转录组测序而言非常重磅的一项资源。它纳入了15位捐赠者(一般由于中风、外伤或缺氧等导致死亡,参见:https://tabula-sapiens-portal.ds.czbiohub.org/whereisthedata)所提供的24个不同组织器官,分离得到将近50万个单细胞,分别进行了10x和/或SmartSeq2的单细胞转录组测序技术,分析得到400多种细胞类型的组织特异性表达数据,提供了组织间T细胞克隆分布、B细胞组织特异性突变率、细胞周期状态及不同细胞在组织器官之间的分布、个体不同组织间细胞类型特异性RNA剪接形式等重要参考基准图谱信息。同时,通过对样本进行病理切片和H&E染色等分析,也将转录组数据与宏观临床相关信息,如不同组织类型的空间异质性、细胞相对丰度估计等都做了关联和讨论。这个项目由 Tabula Sapiens Consortium 执行,其数据(包括原始测序数据和分析结果)存放在AWS、FigShare、CellXGene等平台,供全世界开放使用(但不允许在未征得该委员会及合作方同意前发表图谱或组织规模的数据分析文章),相关信息可在项目网站(https://tabula-sapiens-portal.ds.czbiohub.org/)上找到,该网站还提供了一套流程,帮助用户使用其结果来注释和解读自己的数据。有两点很值得一提:一、该委员会及项目主要由 Chan Zuckerberg Initiative 基金会支持,该基金会由 Facebook创始人马克·扎克伯格及其妻子普莉希拉·陈(生物学专业)共同创办,bioRxiv和medRxiv也是由该基金会支持建立和维持运营;二、这篇文章的通讯作者Stephen R Quake,是生物技术领域的超级大牛,他也应该是在很早期将自己基因组贡献出来验证相关高通量测序技术的名人之一,可参见2009年NBT文章(doi:10.1038/nbt.1561),该文章的受试者P0(猜测很可能就是Quake本人),基于已成为历史的Helicos Biosciences公司的单分子高通量测序技术(应该属于三代测序体系;要知道,二代测序的兴起,也仅仅开始于2008年左右),测定了该技术的最早人全基因组数据。Quake的贡献及事迹这里不做展开,有兴趣者可自行搜索。
bioRxiv,
2022.
DOI: 10.1101/2021.07.19.452956
The Tabula Sapiens: a multiple organ single cell transcriptomic atlas of humans
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Abstract:
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