#paper doi: 10.1186/s13059-026-04004-2 Genome Biology, 2026, Sequence bias in chromatin fragmentation leads to misinterpretation of protein-DNA interactions in vivo。在染色质可及性分析中，一个重要的任务是结合蛋白保护片段长度分布（V plot）与序列模体（motif）判断转录因子的结合情况（足迹分析）。本文通过不同序列片段化方式（DNaseI，MNase和超声打断）片段化染色质或清除了其中所有蛋白组分的裸DNA，发现片段化中存在序列偏好性。这一偏好性可导致在裸DNA中仍能观察到之前被认为是由转录因子结合保护所导致的特异性片段长度分布特征。这些序列偏好不能为移除存在序列偏好的部分碱基等简单生物信息手段所避免。基于本文的结论，基于DNase-seq / ATAC-seq / MNase-seq等实验数据的转录因子足迹分析结果可能是不可靠的，应当慎用。