李翛然
(2025-12-30 22:45):
#paper Designing synthetic regulatory elements using the generative AI framework DNA-Diffusion. Nat Genet (2025).doi:doi.org/10.1038/s41588-025-02441-6DNA-Diffusion是一项基于扩散模型的生成式AI技术,旨在从头设计能精确控制基因表达的合成调控元件(如启动子、增强子)。该模型无需依赖已知模板或人工规则,通过在大规模基因组数据中学习,能够直接生成全新的DNA序列。其核心特点是条件可控,研究人员可以指定目标(如所需的基因表达强度、特定的细胞类型)来定向生成符合要求的序列。
实验验证表明,DNA-Diffusion生成的序列在功能上有效:它们能在报告基因实验中展现出稳定且可调控的活性,部分序列还能在不同细胞类型中保持功能。与基于规则或其他AI生成方法相比,该模型在序列的功能性、稳定性和泛化能力上表现更优。例如,它能设计出将特定基因表达提升至超过天然保护性变异水平的序列。
这项研究标志着合成生物学设计范式的一次重要转变——从“预测已有序列的功能”转向“直接生成满足需求的新序列”,为未来基因电路设计和基因治疗提供了强大的新工具。
Nature Genetics,
2025-12-23.
DOI: 10.1038/s41588-025-02441-6
Designing synthetic regulatory elements using the generative AI framework DNA-Diffusion
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Abstract:
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