#paper doi: 10.1016/j.jmb.2025.169155 Journal of Molecular Biology, 2025, scHiCcompare: An R Package for Differential Analysis of Single-cell Hi-C Data。单细胞Hi-C是当前分析细胞群体中染色质空间构象异质性的最常用技术。然而基于单细胞Hi-C的生物信息工作主要集中在缺失数据的填补、标准化和细胞聚类等上游领域，基于单细胞Hi-C数据的差异分析还未被充分探讨。本文介绍了一种单细胞Hi-C数据的差异分析算法scHiCcompare。该算法首先基于bandNorm的思想，使用随机森林填充细胞中的缺失值，将填补后的结果合并为pseudo-bulk，并使用基于MA plot的差异分析模型在其上进行差异分析。本文的建模过程虽基于之前的算法HiCompare，创新性有限，但算法的表现尚可。且本文展示了scHi-C建模的通用流程和关键节点，为其他任务的建模提供了思维框架。