#paper doi: 10.1186/s13059-025-03617-3 Genome Biology, 2025, Analyzing the relationship of RNA and DNA methylation with gene expression。虽然人们已经对启动子区域的DNA甲基化与基因表达水平之间的负相关关系有了相当程度的了解，但对基因体区域的DNA甲基化和相应的RNA甲基化与基因表达间的关系尚有争议。本文通过牛和羊的三种组织（爪垫、乳腺和脾脏）中DNA 5mC和RNA m6A甲基化测序结果详细对比了启动子和基因体区域DNA和RNA甲基化率与基因表达之间的关系。结果显示了基因体区域DNA和RNA甲基化率与基因表达间的正相关关系，其中RNA甲基化率与基因表达间的此种关系更为强烈。这种关系延续到了哺乳期和非哺乳期母牛乳腺的对比中。本文提供了一个非模式物种DNA和RNA甲基化数据集，对研究甲基化与基因表达间的关系有启发作用。