颜林林
(2024-09-28 00:05):
#paper doi:10.1126/science.1255905, Science, 2015, Correlated gene expression supports synchronous activity in brain networks. 最近我参与到一项脑科学相关的课题中，于是，开始深入挖挖一些历史上的重要相关文献。这篇应该是第一次将fMRI（功能核磁共振）数据与转录组数据联系起来的文章。作者们先使用静息态 fMRI 数据，使用独立成分分析（Independent Component Analysis, ICA）方法，构建出14个功能网络，通过其 MNI 坐标，映射到来自 Allen Institute 提供的上千个转录组样本数据，确定每个样本所属功能网络。之后，通过置换检验验证了功能网络内基因表达的显著性。采用稳定性选择方法筛选出 136 个关键基因，这些基因与离子通道和突触功能相关，并在阿尔茨海默病和精神分裂症中具有显著作用。之后在青少年 IMAGEN 数据集、小鼠数据集、其他啮齿类研究以及疾病关联分析上验证了基因表达与功能网络的关系，并在不同物种和细胞类型中证实了这些基因的稳定作用。该研究首次在分子层面揭示了基因表达与大脑功能网络的关系。
Science,
2015-6-12.
DOI: 10.1126/science.1255905
Correlated gene expression supports synchronous activity in brain networks
翻译
Abstract:
Cooperating brain regions express similar genesWhen the brain is at rest, a number of distinct areas are functionally connected. They tend to be organized in networks. Richiardiet al.compared brain imaging and gene expression data to build computational models of these networks. These functional networks are underpinned by the correlated expression of a core set of 161 genes. In this set, genes coding for ion channels and other synaptic functions such as neurotransmitter release dominate.Science, this issue p.1241
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