尹志 (2024-08-31 23:47):
#paper doi: 10.1038/s41586-019-1923-7, Nature volume 577, pages706–710 (2020), Improved protein structure prediction using potentials from deep learning, alphafold1的原始文献,在当时是一个非常重要的突破,让深度学习在生物领域开始大放光彩。后续各种围绕深度学习的改进,将AI+生物学推到了风口浪尖。虽然这篇alphafold1的工作现在来看,性能已经无法和当前的版本或者类似模型媲美,但创新性的引入深度学习,同时考虑蛋白质序列信息、二级结构、三维构象信息等多尺度信息建模的方式,都成为了后续的蛋白质折叠问题的研究的data driven的方法的基线模型。当然现在看来,使用potential of mean force这样比较物理的方式处理,可能是一种俘获问题的物理本质的有益尝试,对于data driven的方式的使用反而不是那么大胆。但对比后续越来越依靠大力出奇迹,我也更倾向于通过物理描述去俘获折叠问题的本质及动力学机制。
Improved protein structure prediction using potentials from deep learning
Andrew W. Senior, Richard Evans, John Jumper, James Kirkpatrick, Laurent Sifre, Tim Green, Chongli Qin, Augustin Žídek, Alexander W. R. Nelson, Alex Bridgland, ... >>>
Andrew W. Senior, Richard Evans, John Jumper, James Kirkpatrick, Laurent Sifre, Tim Green, Chongli Qin, Augustin Žídek, Alexander W. R. Nelson, Alex Bridgland, Hugo Penedones, Stig Petersen, Karen Simonyan, Steve Crossan, Pushmeet Kohli, David T. Jones, David Silver, Koray Kavukcuoglu, Demis Hassabis <<<
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