#paper doi: 10.1038/s41523-018-0066-6. Migrating the SNP array-based homologous recombination deficiency measures to next generation sequencing data of breast cancer.  NPJ Breast Cancer.  2018 Jul 2;4:16. 同源重组修复（homologous recombination repair，HRR）是DNA双链断裂（double strand break，DSB）的首选修复方式。同源重组修复缺陷（homologous recombination defificiency，HRD）通常指细胞水平上的HRR功能障碍状态，可由HRR相关基因胚系突变或体细胞突变以及表观遗传失活等诸多因素导致，常存在于多种恶性肿瘤中，其中在卵巢癌、乳腺癌、胰腺导管癌、前列腺癌等肿瘤尤其突出。当HRD存在时，DSB会过度依赖非同源末端连接（non-homologous end joining，NHEJ）、微同源末端连接（microhomology mediated end joining，MMEJ）和单链退火途径（single-strand annealing，SSA）等低保真、高易错的替代性DNA损伤修复途径，从而极可能造成核酸序列的插入/缺失，拷贝数异常，并引起染色体交联，造成基因组和染色体不稳定。HRD临床检验所描述的是肿瘤基因组特定改变，也称为基因组瘢痕（genomic scar）。HRD评分（HRD score）可以用来反映肿瘤样本因HRR通路异常而导致的肿瘤样本基因组不稳定的情况。HRD score计算了三种得分的和：端粒等位基因不平衡（telomeric allelic imbalance，TAI或NtAI）评分，杂合缺失（loss of heterozygosity，LOH）评分和大片段迁移（large-scale state transition）评分。HRD评分的检测可采用SNP芯片或NGS平台。 本研究开发了一个名为scarHRD的软件包。利用scarHRD对SNP芯片和NGS平台（WES或WGS）的数据计算HRD评分，结果发现两个平台之间具有很好的相关性（Pearson相关系数在0.73-0.87之间）。对来自TCGA的三阴性乳腺癌BRCA突变和BRCA野生型队列进行分析，发现与BRCA1/2野生型患者相比，利用scarHRD计算HRD评分在突变型患者中更高，ROC曲线对应的AUC面积达80.8%，表明scarHRD能够成功反映真实的生物学功能。乳腺癌1号基因（breast cancer 1，BRCA1）是抑癌基因，主要参与DNA断裂修复过程。当BRCA发生功能缺失会导致双链断裂的DNA修复不能通过同源重组修复，进而引起基因组不稳定（genomic instability，GI）。