笑对人生 (2022-02-28 19:28):
#paper Cell types of origin of the cell-free transcriptome. Nat Biotechnol. 2022 Feb 7. doi: 10.1038/s41587-021-01188-9 2017年卢煜明教授曾联合单细胞转录组测序技术和血浆cfRNA测序全面解析了人类胚胎细胞的异质性,同时也首次发现基于cfRNA可以发现先兆子痫胎盘中绒毛滋养层细胞的功能异常。基于cfRNA的液体活检技术目前已证实能用于追溯不同的器官来源,然而,血浆cfRNA是否可以推断不同组织来源的细胞类型及其病理状态呢?该研究利用2021年公布的人类泛组织单细胞转录组图谱数据Tabula Sapiens、HPA转录组数据、GTEx、以及4个cfRNA测序数据集,证实了血浆cfRNA可用于检测多种疾病的健康人和病人之间细胞类型特异的病理差异,其中最易于预测的是来源于脑、肺、肠、肝以及肾的细胞。同时,也发现cfRNA主要的贡献细胞是免疫细胞和造血细胞。有趣的是,在该文章中用到一个经济学指标-基尼系数来衡量一个基因是否是细胞类型特异的。总的来说,这是单细胞转录组测序在临床应用中的一个很好实践。
IF:33.100Q1 Nature biotechnology, 2022-06. DOI: 10.1038/s41587-021-01188-9 PMID: 35132263 PMCID:PMC9200634
Cell types of origin of the cell-free transcriptome
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Abstract:
Cell-free RNA from liquid biopsies can be analyzed to determine disease tissue of origin. We extend this concept to identify cell types of origin using the Tabula Sapiens transcriptomic cell atlas as well as individual tissue transcriptomic cell atlases in combination with the Human Protein Atlas RNA consensus dataset. We define cell type signature scores, which allow the inference of cell types that contribute to cell-free RNA for a variety of diseases.
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