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2023, Nature Methods. DOI: 10.1038/s41592-023-01978-w
scNanoHi-C: a single-cell long-read concatemer sequencing method to reveal high-order chromatin structures within individual cells
Wen Li, Jiansen Lu, Ping Lu, Yun Gao, Yichen Bai, Kexuan Chen, Xinjie Su, Mengyao Li, Jun’e Liu, Yijun Chen, Lu Wen, Fuchou Tang
Abstract:
No abstract available.
2023-10-21 11:39:00
#paper doi: 10.1038/s41592-023-01978-w Nature methods, 2023, scNanoHi-C: a single-cell long-read concatemer sequencing method to reveal high-order chromatin structures within individual cells。本文提出了一种将基于Nanopore的染色质空间构象捕获技术(Pore-C)推广到了单细胞水平的新技术,命名为scNanoHi-C。其在保持与其他单细胞Hi-C和bulk Hi-C结果的高度一致性前提下,提高了相互作用片段的产量。此外,基于ONT的长读长优势,scNanoHiC的结果可用于检查由多个位点参与的复杂基因组相互作用,也可用于在单细胞水平下检测拷贝数变异和基因组结构变异,并辅助基因组组装。本文的单细胞处理是通过多重标签策略实现的。其思路并不新鲜,其成功之处在于对复杂实验流程的把控和愿意投入大量资源。
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