2021,
Cell.
DOI:
10.1016/j.cell.2021.04.021
A taxonomy of transcriptomic cell types across the isocortex and hippocampal formation
Zizhen Yao, Cindy T.J. van Velthoven, Thuc Nghi Nguyen, Jeff Goldy, Adriana E. Sedeno-Cortes, Fahimeh Baftizadeh, Darren Bertagnolli, Tamara Casper, Megan Chiang, Kirsten Crichton, Song-Lin Ding, Olivia Fong, Emma Garren, Alexandra Glandon, Nathan W. Gouwens, James Gray, Lucas T. Graybuck, Michael J. Hawrylycz, Daniel Hirschstein, Matthew Kroll, Kanan Lathia, Changkyu Lee, Boaz Levi, Delissa McMillen, Stephanie Mok, Thanh Pham, Qingzhong Ren, Christine Rimorin, Nadiya Shapovalova, Josef Sulc, Susan M. Sunkin, Michael Tieu, Amy Torkelson, Herman Tung, Katelyn Ward, Nick Dee, Kimberly A. Smith, Bosiljka Tasic, Hongkui Zeng
Abstract:
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2024-03-31 20:55:00
盼盼:
https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0092867421005018本文应用成熟小鼠的脑组织借助merish技术对55张小鼠的冠状脑组切片测序空间转录组，同时测序对应样本的单细胞（质控后4 000 000个）。依据不同切面不同脑区的时空组表达特征的不同，每张切片都分成不同的功能分区，而大脑总的大分区11个region，时空组都可以很好地再现不同脑区的结构和空间特征。作者还应用RCTD的方法联合时空和单细胞数据，预测不同脑区的细胞类型，整个大脑组织的脑细胞分为34个亚群，其中90%的亚群种类都是神经元细胞，其中每个区的兴奋性神经元数量都是高于抑制性神经元。不同脑区神经元除了表达神经元细胞共有marker以外，还表达具有空间特异性的神经元marker，且不同脑区的神经元细胞种类差异非常大，以中脑和后脑的神经元细胞种类最为丰富。该文献展示了成年小鼠脑细胞的分子和空间特征图谱，为后来的小鼠大脑组织研究提供了数据支持。