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2020, Nature Genetics. DOI: 10.1038/s41588-020-00712-y
2024-01-31 09:45:00
#paper doi: 10.1038/s41588-020-00712-y Nature Genetics, 2020, CHESS enables quantitative comparison of chromatin contact data and automatic feature extraction。本文介绍了一种基于计算机视觉中结构相似度(SSIM)的Hi-C数据相似度度量和结构变化区域的搜索算法,通过在基因组上进行滑窗计算,该算法不仅能基于Hi-C数据计算出两个样品在全基因组水平下染色质空间构象的相似程度,更能通过局部计算寻找出存在显著染色质空间构象变异的区域。该算法不仅可以进行同一物种内的比较,也可以进行跨物种比较。且对测序深度不敏感。本文将计算机视觉中的很多降噪/特征提取/形态学处理技术引入到了Hi-C相互作用图谱的处理中,对计算机上视觉技术在染色质空间构象数据的分析中的应用有重要参考价值。
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2021, arXiv. DOI: 10.48550/arXiv.2110.11316 arXiv ID: 2110.11316
2024-01-30 21:45:00
#paper: doi:2110.11316 文章《CLOOB: Modern Hopfield Networks with InfoLOOB Outperform CLIP》介绍了一种名为CLOOB(Contrastive Leave One Out Boost)的新型自监督学习方法。这种方法结合了现代霍普菲尔德网络(Modern Hopfield Networks)和InfoLOOB目标(Leave One Out Bound),用于提升对比学习的效能。CLOOB在零样本转移学习(zero-shot transfer learning)方面,不论在哪种架构或数据集上,均优于之前的CLIP方法。 CLOOB的核心是使用现代霍普菲尔德网络来增强数据的共现性和协方差结构。这种网络与传统的霍普菲尔德网络相比,具有更高的存储容量和更快的检索速度。通过使用这些网络,CLOOB能够加强输入样本中特征的共现性和协方差结构,有效地提取和强化数据中的重要特征。 此外,CLOOB还采用了InfoLOOB目标函数来避免InfoNCE目标函数中出现的饱和问题。InfoLOOB目标是一种对比学习的目标,用于处理匹配对和不匹配对之间的关系,以减少目标函数的饱和,并使得学习过程更加高效。
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2019, Journal of Leather Science and Engineering. DOI: 10.1186/s42825-019-0012-x
2024-01-30 16:22:00
#paper: doi:doi.org/10.1186/s42825-019-0012-x Quantitative and structural analysis of isotopically labelled natural crosslinks in type I skin collagen using LC-HRMS and SANS 这篇文章主要介绍了使用液相色谱-高分辨质谱(LC-HRMS)和小角散射(SANS)技术对I型皮肤胶原蛋白中的同位素标记天然交联物进行定量和结构分析的方法和结果。这项研究对于了解皮肤胶原蛋白的结构和功能具有重要意义。 1. 样品制备:研究使用了同位素标记的I型皮肤胶原蛋白样品,通过特定的实验方法进行制备。 2. 液相色谱-高分辨质谱(LC-HRMS)分析:研究使用LC-HRMS技术对样品中的同位素标记天然交联物进行定量分析。LC-HRMS技术能够提供高分辨率和高灵敏度的分析结果。 3. 小角散射(SANS)分析:研究使用SANS技术对样品中的同位素标记天然交联物进行结构分析。SANS技术能够提供关于样品中交联物的大小、形状和分布等信息。 这篇论文的优势包括: 1. 综合分析方法:研究采用了LC-HRMS和SANS两种不同的分析技术,能够从定量和结构两个方面全面地研究同位素标记天然交联物。 2. 高分辨率和高灵敏度:LC-HRMS技术具有高分辨率和高灵敏度的特点,能够提供准确的定量分析结果。 3. 结构信息获取:SANS技术能够提供关于交联物的结构信息,有助于深入了解其在皮肤胶原蛋白中的分布和作用。 然而,这篇论文也存在一些局限性: 1. 样品限制:研究中使用的是同位素标记的I型皮肤胶原蛋白样品,可能无法完全代表自然状态下的胶原蛋白。 2. 技术限制:虽然LC-HRMS和SANS技术在分析同位素标记天然交联物方面具有优势,但仍然存在一定的局限性,如分析时间较长、设备成本较高等。 3. 结果解释:由于同位素标记天然交联物的复杂性,对于分析结果的解释可能存在一定的挑战,需要进一步的研究和验证。 总体而言,这篇论文通过综合应用LC-HRMS和SANS技术,提供了一种定量和结构分析同位素标记天然交联物的方法,并揭示了其在I型皮肤胶原蛋白中的特征和作用,为进一步研究皮肤胶原蛋白的结构和功能提供了重要的参考。 这文章证是我的研究方向,帮助很大
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2023, bioRxiv. DOI: 10.1101/2023.12.20.570816
2024-01-30 09:58:00
#paper doi:10.1101/2023.12.20.570816. bioRxiv, 2024, Neoantigen Cancer Vaccines and Different Immune Checkpoint Therapies Each Utilize Both Converging and Distinct Mechanisms that in Combination Enable Synergistic Therapeutic Efficacy. 本文使用甲基胆蒽烷(Methylcholanthrene,简称MCA,一种化学致癌物)诱导基因工程小鼠,构造了肉瘤动物模型,并以此作为研究体系,比较了新抗原疫苗和抗CTLA-4/抗PD-1的疗效。两种疗法都能促进肿瘤内特定CD8 T细胞的扩张,而新抗原疫苗的效应更为显著。文章通过单细胞转录组测序和单细胞免疫组库测序,分析了不同疗法导致了免疫微环境变化,揭示了这些细胞克隆型扩张与特定免疫治疗相关的表型和功能状态。新抗原疫苗与ICT联合使用显示出比单独使用任一治疗更高的疗效,为联合使用肿瘤免疫和免疫检查点治疗方法提供了证据支持。
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2022, Cytokine. DOI: 10.1016/j.cyto.2022.155890 PMID: 35462264
2024-01-23 11:39:00
#paper Matarazzo L, Hernandez Santana YE, Walsh PT, Fallon PG. The IL-1 cytokine family as custodians of barrier immunity. Cytokine. 2022 Jun;154:155890. doi: 10.1016/j.cyto.2022.155890. Epub 2022 Apr 21. PMID: 35462264.这是一篇介绍白介素1(IL-1)的综述,文章介绍了白介素家族成员的性质,人体相关的器官与白介素的关系,白介素相关的疾病,包括肺部,皮肤,肠道。不同的白介素在人体不同疾病中的作用。如何发挥免疫作用。
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2022, Journal of Experimental Psychology: General. DOI: 10.1037/xge0001279
2024-01-03 23:11:00
#paper doi: 10.1037/xge0001279 Did it Move? Humans use Spatio-temporal Landmark Permanency Efficiently for Navigation, J Exp Psychol Gen 地标在导航过程提供重要信息,且永久性(不随时间变化)的地标似乎更加可信。这篇研究将地标的时空永久性视为概率属性,研究了人类对地标永久性概率的学习。研究假设人类将能够了解地标永久性的概率性质,并为更永久的地标分配更高的权重。研究使用homing task,要求被试返回三个地标指示的位置。在学习阶段,研究者在被试返航前重定位其中一个地标以操纵其时间永久性(被试不被告知该移动),在测试阶段,研究者分析被试分配给非永久地标的权重。研究一共使用四个实验,前两个实验改变了地标的永久性,发现被试分配给非永久性地标更低的权重。后两个实验分析短期学习和长期经验对地标永久性的影响,结果发现长期的先验信念很快就会被当前的永久性统计数据更新。这些结果表明人类快速学习和更新地标永久性的规律,并以有效的方式使用它,逐渐为更永久的地标分配更多的权重,使其对导航更加重要。
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2022, Nature Communications. DOI: 10.1038/s41467-022-28421-6
2023-12-31 22:02:00
#paper doi: 10.1038/s41467-022-28421-6. Machine learning-based integration develops an immune-derived lncRNA signature for improving outcomes in colorectal cancer. Nat Commun. 2022 Feb 10;13(1):816. 在该项研究中,作者开发了一种基于机器学习的整合程序,用于构建共识免疫相关lncRNA特征(称为IRLS)。整体思路为:免疫浸润共识簇的开发和验证-鉴定源自免疫浸润模式的lncRNA模块-101种机器学习算法筛选最佳预测模型。通过对模型的评估发现,IRLS和AJCC分期的结合可以进一步提高模型的预测能力。作者还通过免疫相关lnRNA预后评分模型与已知发表了的基因signature多套数据集中进行比较分析,计算当前癌症类型中已发表的signature的C-index,重点体现本研究中lncRNAs的优势。 这篇免疫相关lncRNA的文章值得我们学习的最大亮点是,不像常规预后模型文章那样只用2-4种机器学习算法然后取交集(cox、lasso、RF等等),而是通过整合了10种不同的机器学习算法(包括Support Vector Machine (SVM), Least Absolute Shrinkage and Selection Operator (Lasso), Gradient Boosting Machine (GBM), Random Forest, Elastic Net, Stepwise Cox, Ridge, CoxBoost, Super Partial Correlation (SuperPC), and Partial Least Squares with Cox regression (plsRcox)),并评估了101种算法组合这些机器学习算法,直至筛选出最优的预后模型。
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2023, 太平洋学报.
2023-12-31 22:01:00
#Paper DOI:10.14015 / j.cnki.1004-8049.2023.11.001 吴琳:“大国身份叙事重塑与印度的新‘全球南方’外交”,《太平洋学报》,2023 年第 11 期,第 1-15 页。 2023年是印度外交大年,也是2024年印度大选前的关键一年。莫迪政府外交政策在两个重点方向均出现新动向:一是“亲西方”外交取得实质性进展;二是力推“全球南方”议程。外交学院亚洲研究所副研究员吴琳的这篇论文认为,印度在“领导型大国”“西南方大国”和“全球南方领导者”的新叙事下,开启了大国战略转型进程。 印度独立以前就是一个极为重要的南方国家。印度作为“全球南方”地缘中心、文明中心的历史地位形塑了其“全球南方”的身份认知。印度处于亚洲东西两大经济世界的交汇处,它们彼此之间的联系是以印度为中心的跷跷板向两端摆动的结果:时而东方得势,时而西方抬头,在摇摆的过程中印度的地位始终保持不变。十八世纪英国殖民体系在全球的建立,同样是以印度为主要战略中心的。这种长期以来形成的无与伦比的文明优越感和得天独厚的地缘中心地位,为现代印度崇尚“有声有色”外交和“摇摆国家”战略偏好提供了强大的历史基础。 而现在,为了抓住历史性发展机遇,助力印度大国崛起,莫迪政府对印度国际角色进行了改造,即从“全球南方”的身份叙事转向“世界大国”的身份叙事。在国内动员和国际叙事塑造的推动下,“领导型大国”“西南大国”和“全球南方领导者”日渐成为印度国际角色的新标签。 政策取向上,印度的新“全球南方”外交主要表现为推动国际发展合作转型,强化以印度教文化为基础的软实力外交,倡导以联合国改革为核心的“改革多边主义”,特别是联合西方对华进行“全球南方领导者”的地位竞争,具体表现为以下两个方面:一是反对“一带一路”倡议,联合西方提出对冲中国的替代性方案;二是在新兴国家合作平台中对中国实施软制衡。 不过,尽管当前的国际战略环境总体有利于印度,但在新“全球南方”外交的实施过程中,印度仍将面临多方面的制约:一是发展融资能力有限制约其国际发展合作,二是国内政治极端化外溢损害其软实力投射,三是“全球南方”代言人承诺面临来自西方和“全球南方”的双重张力,包括西方对印度战略利诱的张力和南方国家避免在大国地缘政治竞争中选边站队的张力。
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2023, Science. DOI: 10.1126/science.adi6000
2023-12-31 21:15:00
#paper doi: 10.1126/science.adi6000 Prediction-powered inference, science 2023 目前很多领域里已标注的数据(金标准)较稀缺而未标注的数据较丰富,如何使用这些数据得到严谨的统计结论还面临着颇多挑战。传统方法的思路是只使用这些少数的金标准的数据进行统计推断,这种方案得到的统计结果有效,但样本量少会导致可能的发现较少。另一种思路是使用预测模型对未标注的数据进行标注,用补全标签后的数据和金标准数据进行统计推断,这种方案样本量大,但其假设了预测模型是完美的, 很多时候这种假设并不成立,预测误差与偏差累计可能会导致无效的统计结论。这篇文章提出了一个通用的框架,在使用预测模型的同时也保证了统计结论的有效性。该框架分为三步,1.选择需要估计的参数,2.从未标注数据估计拟合度,从标注数据估计矫正量,3.结合拟合度与校正量获取参数的置信区间。文章在数学上证明了对于任意的预测算法与数据分布,这种基于预测的统计推断能够确保置信区间涵盖真实值的概率达到给定的置信度。由于该方法能够使用的样本量更大,后续数据分析也验证了其较传统方法得到的置信区间更窄,p-value更有效。
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2023, Immunity. DOI: 10.1016/j.immuni.2023.09.011
2023-12-31 20:28:00
#paper The cancer-immunity cycle: Indication, genotype, and immunotype,DOI:https://doi.org/10.1016/j.immuni.2023.09.011. 此文为综述文章,重点介绍了2013年发展的癌症免疫循环(CI),即一系列抗癌免疫反应,文章在此框架下进行更新补充。它强调免疫反应的循环迭代,T细胞杀死肿瘤细胞启动后续多轮次的抗原呈递和T细胞刺激,维持主动免疫并使其适应肿瘤进化。CI循环中的任一步骤都可能成为限速因素,导致免疫系统无法抑制肿瘤生长。 (1) 免疫检查点阻断治疗:必须在CI循环的背景下发挥作用; (2) 3种肿瘤免疫型:免疫炎症、免疫排斥或免疫沙漠型; (3) 免疫检查点阻断-Tex细胞:PD-L1最重要的来源可能不是肿瘤细胞,而是首先刺激肿瘤特异性T细胞的抗原呈递DC; (4) CI循环框架的影响因素:肿瘤环境TME, CAF,髓系细胞,肿瘤细胞的免疫抑制,TLS,宿主相关因素(遗传基因,微生物组);
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2021, Cytokine. DOI: 10.1016/j.cyto.2021.155697
2023-12-31 20:01:00
#paper Zhang W, Ma Z, Wu Y, Shi X, Zhang Y, Zhang M, Zhang M, Wang L, Liu W. SARS-CoV-2 3C-like protease antagonizes interferon-beta production by facilitating the degradation of IRF3. Cytokine. 2021 Dec;148:155697. doi: 10.1016/j.cyto.2021.155697. Epub 2021 Sep 3. PMID: 34509038; PMCID: PMC8413301. 文章通过对转染SARS-CoV-2的293T细胞(人)。研究感染病毒后,细胞的 RLR 通路,发现感染后,I 型干扰素的产生受到 SARS-CoV-2 3CL的显著影响。
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2023, Trends in Cell Biology. DOI: 10.1016/j.tcb.2023.11.002
2023-12-31 18:12:00
小W:
#paper doi:10.1016/j.tcb.2023.11.002 Mechanism-aware and multimodal AI: beyond model-agnostic interpretation 本文是一篇介绍通过多模态人工智能将多组学、临床数据和基因组规模代谢模型(GSMM 通量组学)结合起来,以生成更准确透明解释的生物标志物的综述文章。本文介绍了GSMM的构建方法、用于多模态数据集成的 AI 建模方法以及图神经网络方法。GSMM的构建来源于组学数据,其参考文章也验证使用转录组数据和GSMM的多模态模型对于酵母生长预测性能的提升,并揭示了仅从基因表达中无法直接推断的功能模式。
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2023, Nature. DOI: 10.1038/s41586-023-06306-y
2023-12-31 16:44:00
#paper doi.org/10.1038/s41586-023-06306-y Nature, 2023, Solid-body trajectoids shaped to roll along desired pathways 本文介绍了一种名为trajectoids的固体轨迹体,可以沿着所需路径滚动,并通过算法设计出这些轨迹体,并通过三维打印验证了这些设计的可行性。文章探讨了轨迹体的运动规律、路径设计和形态学,并提供了多个物理系统中的应用案例,如量子力学、经典光学和机器人学等。研究结果对于理解物体运动的动力学和设计新型光学器件具有重要意义
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2018, Genetics in Medicine. DOI: 10.1038/s41436-018-0295-y
2023-12-31 14:41:00
#paper DOI: 10.1038/s41436-018-0295-y genetics in medicine, 2019,Performance of prenatal cfDNA screening for sex chromosomes. Copy-number variants in clinical genome sequencing: deployment and interpretation for rare and undiagnosed disease. 这篇文献是用测序的方法进行疾病相关的CNVs检测。研究分析比较了17个参考样本的测序和临床芯片检测CNVs的结果。进一步建立了以家庭为单位的基于测序技术的CNVs calling方法,并用79个罕见或未确诊案例的样本对该方法进行了验证。结果表明测序在CNV calling上与芯片效果无差。此外,文章建立的方法还可以检出UPD和三体的嵌合情况。这是一篇关注测序技术用于临床CNVsj检测文章,是了解目前临床已经广泛开展的CNV-Seq检测方法的前导和基础参考。
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2023, arXiv. DOI: 10.48550/arXiv.2303.01469 arXiv ID: 2303.01469
2023-12-31 14:32:00
#paper Consistency Models https://doi.org/10.48550/arXiv.2303.01469 扩散模型目前已经是生成式AI的核心技术方案了,但是由于它的迭代生成的性质,使得采样速度一直存在问题,因此在实际应用的场景下就会遇到阻碍。CM(consistency models)作为常规的扩散模型的高效改进方案,基于PE(probability flow) ODE轨道,提出一个针对ODE轨道(可以认为是演化迭代的步骤)上的映射,使得我们能够从任意轨道点,即任意迭代的timestep,映射到初始点,即原图。cm模型的提出,让单步扩散模型采样的质量变得更高,从而带动了大量实际应用的产生,包括图像编辑、图像补全等。目前大量基于扩散模型的实际应用,都已经使用了cm。这个是年初的时候Yang Song大佬和Ilya Sutskever一起的工作,四个作者全部都是来自openAI的扩散模型大佬。
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2023, Nature Communications. DOI: 10.1038/s41467-023-44011-6
2023-12-31 13:31:00
#paper Theta mediated dynamics ofhuman hippocampal-neocortical learning systems in memory formation and retrieval https://doi.org/10.1038/s41467-023-44011-6 本研究探讨了人类海马-皮层学习系统在记忆编码和提取过程中的θ节律动力学。研究结果表明,θ节律在记忆形成和检索过程中起着重要的调节作用,并且海马和新皮质之间存在信息传递的动态变化。这些发现对于理解记忆的神经机制和相关疾病具有重要意义。具体而言,文章关心三个研究问题:1)在记忆编码和检索过程中,海马和新皮质之间的信息传递方向是如何的?2)在不同条件下,海马和新皮质之间的信息传递是否存在差异?3)Theta频率范围内的神经振荡是否在海马-新皮质学习系统中发挥重要作用?作者记录了8个颅内病人数据,通过模式分离任务(让被试判断old,lure,new)中的电生理信号来揭示4-5hz的θ节律分别在编码和提取过程的作用,以及这一节律如何贡献于海马和皮层的信息交互。结果发现,4-5hz的θ节律在模式完成和模式分离中表现不同,海马和新皮质无论在模式完成还是模式分离还是编码提取阶段都表现出双向信息交流。但这几种条件下存在一定的偏向性,如模式分离(即能够区分相似的项目)4 - 5hz介导了新皮层→海马方向偏差,而如果4-5hz可以在编码阶段介导海马→新皮层方向偏差,那么被试在提取阶段可以更好的识别学过的项目。总体来说海马和新皮层的交互在记忆编码提取以及模式分离和模式整合等不同阶段和条件下展现出了非常动态性的过程,4-5hz的θ震荡在其中起到一定的作用。
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2020, Molecular Psychiatry. DOI: 10.1038/s41380-020-0754-0
2023-12-30 20:07:00
#paper Brain aging in major depressive disorder: results from the ENIGMA major depressive disorder working group doi: 10.1038/s41380-020-0754-0 研究者使用大样本数据集(ENIGMA)探究了抑郁症患者脑龄相对正常人的差异。具体而言,他们使用正常人的脑结构信息,构建了预测脑龄的模型,并将抑郁症患者作为测试集对他们的脑龄进行了预测。研究发现,抑郁症患者的脑龄相比正常人更高,并且和临床症状无关。
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2023, Nature Communications. DOI: 10.1038/s41467-023-43077-6
2023-12-30 19:00:00
#paper Transcriptome-wide association analyses reveal the impact of regulatory variants on rice panicle architecture and causal gene regulatory networks, Nature Communications, 18 November 2023, https://doi.org/10.1038/s41467-023-43077-6 。利用转录组和全基因组关联分析鉴定控制水稻穗型结构的基因。研究人员利用275份水稻1-2mm幼穗转录组数据,鉴定出表达水平与性状相关的基因,后续又对鉴定到的显著的基因和受小效应位点影响,对等位基因差异选择影响基因的表达和穗部性状,后续利用顺式表达成分和和反式表达成分来构建了水稻穗发育的基因表达调控网络。
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2014, Bioengineered. DOI: 10.4161/bioe.28791
2023-12-30 10:31:00
#paper doi:10.4161/bioe.28791 Bioengineered collagens: Emerging directions for biomedical materials 1. 胶原蛋白作为生物医学材料的历史和应用。 2. 动物胶原蛋白的局限性及疾病传播风险。 3. 重组胶原蛋白技术的发展,特别是在大肠杆菌中表达的细菌胶原蛋白的特性和潜在应用。 4. 生物工程方法改善胶原蛋白稳定性和功能的可能性。 5. 不同系统(如酵母、昆虫细胞、植物、微生物)用于胶原蛋白的生产。 6. 细菌胶原蛋白的特性、稳定性、非免疫原性和生产方法。 7. 结合生物工程技术,设计出具有特定功能的胶原蛋白结构。
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2020, Genome Medicine. DOI: 10.1186/s13073-020-00810-w
2023-12-30 09:37:00
#paper doi: 10.1186/s13073-020-00810-w Genome Medicine, 2023, DNA methylation and body mass index from birth to adolescence: meta-analyses of epigenome-wide association studies。成人中DNA甲基化图谱与肥胖间存在关联这一事实已为人们所知,然而此关联性是否在少儿期存在,二者间是否存在因果关系尚不明确。本文作为一项Meta分析,检查了来自全球23项研究的超过1万名儿童青少年参与者,分析了其血液DNA甲基化图谱和体重指数(BMI)的关系。通过横断面研究识别了在儿童青少年时期与BMI有显著关联的DNA甲基化位点,通过纵向研究探讨了其因果性。结果发现,仅少量血液DNA甲基化位点与BMI显著关联,且有证据显示其可能为高BMI的结果。本研究是一项典型的分子流行病学研究,其结构和方法有很多可取之处。
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