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2018, Nature Methods. DOI: 10.1038/s41592-018-0213-x
Identification of differentially methylated cell types in epigenome-wide association studies
Shijie C. Zheng, Charles E. Breeze, Stephan Beck, Andrew E. Teschendorff
Abstract:
No abstract available.
2023-09-30 23:59:00
#paper https://doi.org/10.1038/s41592-018-0213-x Identification of differentially methylated cell types in epigenome-wide association studies. Nature Methods, 2018。表观基因组关联研究经常使用细胞类型的比例作为协变量,使用线性模型挖掘出与研究性状相关的差异甲基化位点,然而此类方法很难确定具体是什么细胞类型导致了该差异甲基化位点。这篇论文介绍了简单而有效的新的甲基化差异检测方法,通过引入性状与细胞类型的interaction term,在原有的统计框架下,该方法能够发现引起甲基化位点变化的具体的细胞类型。在模拟研究中,该方法表现优异,能够达到超过90%的灵敏度和特异性。
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