#paper DOI: https://doi.org/10.1016/j.gim.2025.101446. eGenetics in Medicine. 2025. HCSeeker: A classification tool for human genetic variant hot and cold spots designed for PM1 and benign criteria in the ACMG-AMP guideline. PM1是ACMG的变异解读指南中的中等致病性证据标准，内容变是异位于突变热点区域和/或关键且功能明确的无良性变异功能域（如酶的活性位点）时，可视为评估其致病性的中等证据。但由于缺乏可靠的变异热点数据库，PM1标准的应用仍存在局限性。相较于热点区域，冷点区域在指南中未获重视。为优化变异分类，我们建议纳入冷点区域以支持良性分类判定。为此，我们开发了HCSeeker工具，为PM1标准及“良性”标准提供数据支持。HCSeeker采用核密度估计与期望最大化算法识别热点与冷点区域。通过HCSeeker，我们在889个基因中识别出988个热点区域和682个冷点区域，并提供公共数据库（http://www.genemed.tech/hcseeker/）供研究者和临床医生查询变异位置，从而促进美国医学遗传学与基因组学学院及分子病理学协会PM1或“良性”标准的应用。 HCSeeker工具能有效识别基因内的变异热点与冷点区域，从而提升基因变异的可解释性。