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徐炳祥 (2024-09-30 14:55):
#paper doi: 10.1038/s42003-024-06904-0 Communications Biology, 2024, Crosslinking intensity modulates the reliability and sensitivity of chromatin conformation detection at different structural levels。甲醛(FA)是生物化学分析中常用的交联剂,用以固定生物大分子间的相互作用,其效果受反应条件的直接影响。然而对这些影响的定量分析尚十分不足。本文以染色质构象捕获技术为模型,系统性的探讨了甲醛浓度和反应体系温度两个重要参数对甲醛交联过程的影响。结果显示,甲醛的交联效率随浓度和反应温度的提升而提升,交联效率显著影响了所有已知染色质构象层次的检测。随着他们的升高,实验结果的灵敏度和可信度提高,稳定性降低。这些效果可以被一个简单的反应扩散模型解释。本文对解释三维基因组学中普遍存在的矛盾结果,和后续表观组学新技术的开发均有一定指导意义。
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